MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Shigella sonnei Ss046 plasmid pSS046_spA

Total Repeats: 172

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009345	GCA	2	6	60	65	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_009345	ATCT	2	8	173	180	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_009345	GCC	2	6	209	214	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_009345	GC	3	6	252	257	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
5	NC_009345	CGC	2	6	285	290	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_009345	GCC	2	6	308	313	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
7	NC_009345	AG	3	6	314	319	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009345	AGGGC	2	10	349	358	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
9	NC_009345	GCT	2	6	378	383	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_009345	TGT	2	6	418	423	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009345	CTG	2	6	434	439	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_009345	AGTG	2	8	441	448	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009345	CCT	2	6	519	524	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	145294026
14	NC_009345	TCG	2	6	586	591	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294026
15	NC_009345	GCG	2	6	617	622	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	145294026
16	NC_009345	GCC	2	6	645	650	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	145294026
17	NC_009345	CTC	2	6	681	686	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	145294026
18	NC_009345	TCA	2	6	719	724	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294026
19	NC_009345	GAAGC	2	10	768	777	40 %	0 %	40 %	20 %	145294026
20	NC_009345	GC	4	8	831	838	0 %	0 %	50 %	50 %	145294026
21	NC_009345	AGC	2	6	853	858	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	145294026
22	NC_009345	GCCT	2	8	859	866	0 %	25 %	25 %	50 %	145294026
23	NC_009345	GTC	3	9	903	911	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294026
24	NC_009345	AGC	2	6	970	975	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	145294026
25	NC_009345	GCT	2	6	1010	1015	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294026
26	NC_009345	GTC	2	6	1045	1050	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294026
27	NC_009345	GGC	2	6	1086	1091	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	145294026
28	NC_009345	ATA	2	6	1150	1155	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	145294027
29	NC_009345	CCA	2	6	1159	1164	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	145294027
30	NC_009345	CG	3	6	1186	1191	0 %	0 %	50 %	50 %	145294027
31	NC_009345	TGC	2	6	1309	1314	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294027
32	NC_009345	CCT	2	6	1319	1324	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	145294027
33	NC_009345	ACG	2	6	1345	1350	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	145294027
34	NC_009345	CTG	2	6	1371	1376	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294027
35	NC_009345	GC	3	6	1420	1425	0 %	0 %	50 %	50 %	145294027
36	NC_009345	GCG	2	6	1442	1447	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	145294027
37	NC_009345	GCT	2	6	1476	1481	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294027
38	NC_009345	CAT	2	6	1493	1498	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294027
39	NC_009345	CCTTT	2	10	1509	1518	0 %	60 %	0 %	40 %	145294027
40	NC_009345	GC	4	8	1613	1620	0 %	0 %	50 %	50 %	145294027
41	NC_009345	TTCGGG	2	12	1647	1658	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	145294027
42	NC_009345	C	6	6	1702	1707	0 %	0 %	0 %	100 %	145294027
43	NC_009345	TTC	2	6	1716	1721	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	145294027
44	NC_009345	GCCG	2	8	1795	1802	0 %	0 %	50 %	50 %	145294027
45	NC_009345	CGCT	2	8	1825	1832	0 %	25 %	25 %	50 %	145294027
46	NC_009345	CGT	2	6	1859	1864	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294027
47	NC_009345	CGC	2	6	1865	1870	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	145294027
48	NC_009345	TCT	2	6	1882	1887	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	145294027
49	NC_009345	TCA	2	6	1888	1893	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294027
50	NC_009345	GCCG	2	8	1913	1920	0 %	0 %	50 %	50 %	145294027
51	NC_009345	GCC	2	6	2040	2045	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	145294027
52	NC_009345	GATG	2	8	2128	2135	25 %	25 %	50 %	0 %	145294027
53	NC_009345	TGCT	2	8	2155	2162	0 %	50 %	25 %	25 %	145294027
54	NC_009345	GCAA	2	8	2189	2196	50 %	0 %	25 %	25 %	145294027
55	NC_009345	TGT	2	6	2197	2202	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	145294027
56	NC_009345	CAGG	2	8	2204	2211	25 %	0 %	50 %	25 %	145294027
57	NC_009345	GGC	2	6	2249	2254	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	145294027
58	NC_009345	TCG	2	6	2275	2280	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294027
59	NC_009345	CTC	2	6	2286	2291	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	145294027
60	NC_009345	AAC	2	6	2318	2323	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	145294027
61	NC_009345	CTGC	2	8	2369	2376	0 %	25 %	25 %	50 %	145294027
62	NC_009345	TTC	2	6	2405	2410	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	145294027
63	NC_009345	ATCCCG	2	12	2543	2554	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
64	NC_009345	GCC	2	6	2568	2573	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
65	NC_009345	TACA	2	8	2611	2618	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_009345	TGCC	2	8	2660	2667	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
67	NC_009345	GCCA	2	8	2681	2688	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
68	NC_009345	ATG	2	6	2754	2759	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_009345	TTA	2	6	2767	2772	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009345	CAG	2	6	2777	2782	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_009345	TTC	2	6	2803	2808	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_009345	TGA	2	6	2840	2845	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_009345	ACT	2	6	2874	2879	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_009345	CCA	2	6	2890	2895	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
75	NC_009345	ACC	3	9	2898	2906	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
76	NC_009345	CAT	2	6	2945	2950	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_009345	ACC	2	6	2982	2987	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_009345	TA	3	6	3075	3080	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_009345	TAC	2	6	3093	3098	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_009345	T	6	6	3126	3131	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_009345	CTG	2	6	3192	3197	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_009345	AC	3	6	3210	3215	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_009345	ATGGC	2	10	3235	3244	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
84	NC_009345	A	6	6	3336	3341	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_009345	AGG	2	6	3422	3427	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_009345	CAG	2	6	3481	3486	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_009345	GCA	2	6	3501	3506	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_009345	GAG	2	6	3568	3573	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_009345	AAC	2	6	3578	3583	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_009345	A	7	7	3626	3632	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_009345	CAA	2	6	3769	3774	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_009345	ACC	2	6	3775	3780	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
93	NC_009345	GCAT	2	8	3819	3826	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_009345	TTC	2	6	3895	3900	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_009345	ATG	2	6	4048	4053	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009345	GAA	2	6	4144	4149	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009345	T	7	7	4191	4197	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_009345	ATT	2	6	4242	4247	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009345	A	8	8	4316	4323	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_009345	GTT	2	6	4567	4572	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009345	CAT	2	6	4573	4578	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_009345	GTT	2	6	4616	4621	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009345	A	6	6	4735	4740	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009345	GCA	2	6	4742	4747	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_009345	CAG	2	6	4757	4762	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_009345	GCG	2	6	4828	4833	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_009345	ACGG	2	8	4848	4855	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
108	NC_009345	AGA	2	6	4898	4903	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_009345	C	6	6	4942	4947	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
110	NC_009345	GTG	2	6	4981	4986	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_009345	C	6	6	5171	5176	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
112	NC_009345	GCA	2	6	5255	5260	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_009345	AGAT	2	8	5287	5294	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_009345	T	6	6	5434	5439	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_009345	AAG	2	6	5482	5487	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_009345	GCA	2	6	5591	5596	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_009345	A	6	6	5607	5612	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_009345	AT	3	6	5618	5623	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_009345	GA	3	6	5633	5638	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_009345	AT	3	6	5641	5646	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_009345	CAT	3	9	5670	5678	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_009345	ATT	4	12	5756	5767	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_009345	TCA	2	6	5793	5798	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294028
124	NC_009345	CGC	2	6	5944	5949	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	145294028
125	NC_009345	CG	3	6	5974	5979	0 %	0 %	50 %	50 %	145294028
126	NC_009345	GTG	2	6	6072	6077	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	145294028
127	NC_009345	ATC	2	6	6139	6144	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294028
128	NC_009345	TCG	2	6	6153	6158	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294028
129	NC_009345	GCAG	2	8	6181	6188	25 %	0 %	50 %	25 %	145294028
130	NC_009345	CAT	2	6	6214	6219	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294028
131	NC_009345	GCG	2	6	6230	6235	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	145294028
132	NC_009345	CG	3	6	6244	6249	0 %	0 %	50 %	50 %	145294028
133	NC_009345	T	6	6	6314	6319	0 %	100 %	0 %	0 %	145294028
134	NC_009345	GCT	2	6	6326	6331	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294028
135	NC_009345	TCTG	2	8	6400	6407	0 %	50 %	25 %	25 %	145294028
136	NC_009345	GC	4	8	6427	6434	0 %	0 %	50 %	50 %	145294028
137	NC_009345	GCC	3	9	6488	6496	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	145294028
138	NC_009345	CA	3	6	6520	6525	50 %	0 %	0 %	50 %	145294028
139	NC_009345	GGC	2	6	6562	6567	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	145294028
140	NC_009345	GAAA	2	8	6571	6578	75 %	0 %	25 %	0 %	145294028
141	NC_009345	TCA	2	6	6630	6635	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_009345	T	8	8	6672	6679	0 %	100 %	0 %	0 %	145294029
143	NC_009345	GTG	2	6	6744	6749	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	145294029
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.